Blind Source Separation for Analyzing Expression Data
Séparation de Sources pour l'Analyse de Données d'Expression
Résumé
We present a new approach for analyzing gene expression data, based upon blind source separation techniques. This approach yields " elementary expression patterns " , or " sources " , which may be interpreted as potential regulation channels. Further analysis of the so-obtained sources show that they are generally characterized by a small numbers of specific co-regulated genes. The results obtained on two datasets show that some of the obtained gene families correspond to well known families of co-regulated genes, which validates our approach.
Nous décrivons une nouvelle approche pour l'analyse de données issues du transcriptome, basée sur les techniques de séparation de sources en aveugle. Cette approche fournit en sortie des " profils d'expression élémen-taires " , ou " sources " , éventuellement interprétables comme de possibles voies de régulation. Une analyse plus fine des sources ainsi obtenues montre qu'elles sont généralement caractérisées par une sur-expression (resp. sous-expression) significative d'un petit nombre de gènes, parfois accompagnée d'une sous-expression (resp. sur-expression) d'une famille complémentaire de gènes. Les résultats obtenus sur deux jeux de données d'expression montrent que certaines des familles ainsi détectées correspondent à des familles connues de gènes co-régulés, ce qui valide l'approche.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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