Bioinformatics big data processing

Traitement de données bioinformatiques massives (Big Data)

Sarah Cohen-Boulakia (1, 2, 3, 4) , Patrick Valduriez (3, 4)

1 VIRTUAL PLANTS - Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype
2 LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique
3 ZENITH - Scientific Data Management
4 IBC - Institut de Biologie Computationnelle

The volumes of bioinformatics data available on the Web are constantly increasing. Access and joint exploitation of these highly distributed data (i.e, available in distributed Web data sources) and highly heterogeneous (in text or tabulated les including images, in dierent formats, described with dierent levels of detail and dierent levels of quality ...) is essential for the biological knowledge to progress. The purpose of this short report is to present in a simple way the problems of the joint use of bioinformatics data.

Les volumes des donnees bioinformatiques disponibles sur le Web sont en constante augmentation. L'acces et l'exploitation conjointe de ces donnees tres reparties (i.e., disponibles dans des sources de donnees distribuees sur le Web) et fortement heterogenes (sous forme textuelle ou sous forme de chiers tabules, incluant ou non des images, decrites avec dierents niveaux de details et de qualite. . . ), est essentielle pour que les connaissances en biologie puissent progresser. L'objectif de ce rapport est de presenter de facon simple les problemes poses par l'utilisation conjointe des donnees bioinformatiques.

Mots clés: Big data; bioinformatics data; information retrieval

Mots clés: données bioinformatiques; recherche d'informations

Domaines: Base de données [cs.DB]; Bio-informatique [q-bio.QM]

Sarah Cohen-Boulakia, Patrick Valduriez. Traitement de données bioinformatiques massives (Big Data). [Rapport de recherche] RR-8915, Inria Sophia Antipolis; LRI - CNRS, University Paris-Sud. 2016, pp.8. ⟨hal-01321033⟩