Deriving Gene Associations for Metabolic Models

Dériver des associations de gène pour des modèles métaboliques

Razanne Issa (1, 2) , David James Sherman (2, 1)

1 LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
2 PLEIADE - from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology

We define a formal procedure for inferring gene-protein-reaction (GPR) relations from complete metabolic models, using a logical representation of knowledge and a small set of inference rules. We show that different use cases of metabolic models requires difference GPR relations. Three examples from the yeast Saccharomyces cerevisae illustrate the procedure and demonstrate its usefulness.

Nous définissons une procédure formelle pour l’inférence de relations gène-protéine- réaction (GPR) à partir de modèles métaboliques complets, par moyen d’une représentation logique des connaissances et un petit ensemble de règles d’inférence. Nous montrons que les différents cas d’utilisation requièrent des différentes relations GPR. Trois exemples tirés de la levure Saccharomyces cerevisae illustrent la procédure et démontrent son utilité.

Mots clés: Comparative genomics; Metabolic networks

Mots clés: Réseaux métaboliques; Génomique comparée; Inférence

Domaines: Bio-informatique [q-bio.QM]

Razanne Issa, David James Sherman. Deriving Gene Associations for Metabolic Models. [Research Report] RR-9246, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2018. ⟨hal-01976744⟩