PGxCorpus, a manually annotated corpus for pharmacogenomics

Joël Legrand (1) , Romain Gogdemir (2) , Cedric Bousquet (3) , Kevin Dalleau (2) , Marie-Dominique Devignes (4) , William Digan (5, 6) , Chia-Ju Lee (7) , Ndeye-Coumba Ndiaye (8) , Nadine Petitpain (9) , Patrice Ringot (10) , Malika Smaïl-Tabbone (4) , Yannick Toussaint (2) , Adrien Coulet (2)

1 SYNALP - Natural Language Processing : representations, inference and semantics
2 ORPAILLEUR - Knowledge representation, reasonning
3 LIMICS - Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé
4 CAPSID - Computational Algorithms for Protein Structures and Interactions
5 HEGP - Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP]
6 CRC (UMR_S_1138 / U1138) - Centre de Recherche des Cordeliers
7 Department of Biomedical Informatics and Medical Education, University of Washington
8 NGERE - Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux
9 CRPV Lorraine - Centre Régional de PharmacoVigilance de Lorraine
10 SISR - Service Informatique de Soutien à la Recherche

Domaines: Intelligence artificielle [cs.AI]; Bio-informatique [q-bio.QM]; Traitement du texte et du document; Génétique humaine; Médicaments; Pharmacologie

Joël Legrand, Romain Gogdemir, Cedric Bousquet, Kevin Dalleau, Marie-Dominique Devignes, et al.. PGxCorpus, a manually annotated corpus for pharmacogenomics. Scientific Data , 2020, 7, pp.3. ⟨10.1038/s41597-019-0342-9⟩. ⟨hal-02547607⟩