ADE-4 Software: a tool for multivariate analysis and graphical display

Monique Simier (1) , Jean Thioulouse (2) , Jean-Michel Olivier (3)

1 UMR MARBEC - MARine Biodiversity Exploitation and Conservation
2 Ecologie quantitative et évolutive des communautés
3 LEHNA - Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés

We present ADE-4, a multivariate analysis and graphical display software. Multivariate analysis methods available in ADE-4 include usual one-table methods like principal component analysis and correspondence analysis, spatial data analysis methods (using a total variance decomposition into local and global components, analogous to Moran and Geary indices), partitioning and classification methods, discriminant analysis and within/between groups analyses, many linear regression methods including lowess and polynomial regression, multiple and PLS (partial least squares) regression and orthogonal regression {principal component regression), projection methods like principal component analysis on instrumental variables, canonical correspondence analysis and many other variants, coinertia analysis and the RLQ method, and several three-way table (k-table) analysis methods. Graphical display techniques include an automatic collection of elementary graphics corresponding to groups of rows or to columns in the data table, thus providing a very efficient way for automatic k-table graphics and geographical mapping options. A dynamic graphic module allows interactive operations like searching, zooming, selection of points, and display of data values on factor maps. The user interface is simple and homogeneous among all the programs; this help makes the use of ADE-4 very easy for non specialists in statistics, data analysis or computer science

Nous presentons ADE-4, un logiciel pour ('analyse et la representation graphique des donnees multivariees. Les methodes d'analyse multivariees disponibles dans ADE-4 sont les methodes classiques a un seul tableau comme !'analyse en composantes principales et !'analyse des correspondances, des methodes d'analyse des donnees spatialisees {decomposant la variance totale en composantes locales et globales, comme les indices de Moran et de Geary), des methodes de partitionnement et de classification, I' analyse discriminante et les analyses interou intra-classes, plusieurs methodes de regression lineaire comme les regressions « lowess » et polynomiales, les regressions multiples et PLS (moindres carres partiels) et les regressions orthogonales (regression en composantes principales), des methodes de projection comme !'analyse en composantes principales sur variables instrumentales, !'analyse canonique des correspondances et autres variantes, les analyses de coinertie et la methode RLQ, et enfin plusieurs methodes d'analyse multitableaux. Les techniques de representation graphique permettent de realiser automatiquement des collections de graphiques correspondant a des groupes de lignes ou a des colonnes du tableau de donnees, offrant ainsi un outil tres efficace pour les graphiques multi-tableaux ou les cartes geographiques. Un module graphique dynamique autorise des operations interactives comme la recherche, l'agrandissement de parties du graphe, la selection de points, et la representation de valeurs sur des cartes factorielles. L'interface utilisateur est simple et homogene pour tous les modules ; cela contribue a faire d' ADE-4 un outil accessible aux non-specialistes en statistiques, analyse de donnees ou informatique

Mots clés: multivariate analysis; principal component analysis; correspondence analysis; instrumental variables; canonical correspondence analysis; partial least squares regression; coinertia analysis; multi-table analysis; graphics; multivariate graphics; Macintosh; HyperCard; Windows 95; Windows NT

Domaines: Méthodologie [stat.ME]; Applications [stat.AP]; Analyse de données, Statistiques et Probabilités [physics.data-an]; Statistiques [math.ST]; Interactions entre organismes; Ecosystèmes

Monique Simier, Jean Thioulouse, Jean-Michel Olivier. ADE-4 Software: a tool for multivariate analysis and graphical display. Concepts and methods for studying marine biodiversity, from gene to ecosystem, 24 (4), pp.393-416, 1998. ⟨hal-03623926⟩