SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparative
Résumé
Notre objectif est la recherche des sites de fixation des sous-unités σ de l'ARN polymérase dans des génomes bactériens, sites généralement composés de deux « boîtes » dites -35 et -10 en référence au point d'initiation de la transcription. En utilisant la génomique comparative, nous souhaitons nous assurer de la conservation de couples de boîtes statistiquement intéressantes (programme R'MES) liées à la présence d'un motif régulateur fonctionnel. Nous autorisons un espacement variable entre boîtes -35 et -10 conservées dans les séquences intergéniques amonts de gènes supposés orthologues. Cette démarche, généralisable à tout couple de bactéries proches, permet de prédire les sites de fixation des facteurs de transcription (SFFT) qui leur sont communs. Un descriptif du fonctionnement du programme est présenté. Plusieurs résultats prometteurs ressortent de son utilisation. Trois SFFT connus sont retrouvés ou confirmés, avec un grand nombre de nouveaux gènes co-régulés candidats pour chacun. Deux groupes de motifs ressemblent à divers SFFT référencés, suggérant certaines hypothèses biologiques sur les résultats connus. Au moins deux nouveaux SFFT sont proposés, à la fois chez Streptomyces coelicolor et Streptomyces avermitilis.
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