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  1. Search


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lirmm-00757983v1  Journal articles
Nicolas Philippe, Mikaël Salson, Thierry Lecroq, Martine Léonard, T. Commes et al.  Read indexing
EMBnet.journal, EMBnet, 2011, 17 (Supplement B), pp.1
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hal-02891455v4  Journal articles
Erwan Sallard, José Halloy, Didier Casane, Etienne Decroly, Jacques van Helden. Tracing the origins of SARS-CoV-2 in coronavirus phylogenies
médecine/sciences, EDP Sciences, In press, ⟨10.1051/medsci/2020123⟩
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hal-02890450v4  Journal articles
Erwan Sallard, José Halloy, Didier Casane, Jacques van Helden, Etienne Decroly. Retrouver les origines du SARS-CoV-2 dans les phylogénies de coronavirus
médecine/sciences, EDP Sciences, 2020, Août-Septembre 2020, 36 (8-9), pp.783-796. ⟨10.1051/medsci/2020123⟩
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hal-01279160v1  Journal articles
Yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel et al.  Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis
British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
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hal-01404817v1  Journal articles
Mikaël Salson, Mathieu Giraud, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Nicolas Duployez et al.  High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones
Leukemia Research, Elsevier, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩
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inria-00178325v1  Conference papers
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques et al.  Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland
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tel-01577763v1  Habilitation à diriger des recherches
Mathieu Giraud. Compter les globules blancs, analyser les partitions
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
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hal-00623404v1  Journal articles
Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Parallel Position Weight Matrices Algorithms
Parallel Computing, Elsevier, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
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inria-00438215v1  Conference papers
Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré. Parallel Position Weight Matrices Algorithms
International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, ⟨10.1109/ISPDC.2009.31⟩
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ensl-00121361v3  Preprints, Working Papers, ...
Pierre Lescanne. CP games : a tutorial
2007
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tel-01067114v1  Theses
Antoine Thomas. Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English
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hal-02102657v1  Reports
Arnaud Legrand, Alan Su, Frédéric Vivien. Minimizing the stretch when scheduling flows of divisible requests
[Research Report] LIP RR-2008-08, Laboratoire de l'informatique du parallélisme. 2008, 2+59p
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tel-01534703v1  Habilitation à diriger des recherches
Russ Harmer. Rule-based meta-modelling for bio-curation
Bioinformatics [q-bio.QM]. Ecole Normale Supérieure de Lyon, 2017
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tel-00344249v1  Theses
Raphaël Bolze. Analyse et déploiement de solutions algorithmiques et logicielles pour des applications bioinformatiques à grande échelle sur la grille
Modélisation et simulation. Ecole normale supérieure de lyon - ENS LYON, 2008. Français
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tel-00941922v1  Theses
Nicolas Maillet. Comparaison de novo de données de séquençage issues de très grands échantillons métagénomiques : application sur le projet Tara Oceans
Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : 2013REN1S097⟩
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tel-00595494v1  Theses
Matthias Gallé. Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem
Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2011. English
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tel-01135870v1  Theses
Valentin Wucher. Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois
Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S076⟩
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tel-00832663v1  Theses
Tuan Tu Tran. Bioinformatics Sequence Comparisons on Manycore Processors
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2012. English
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tel-00832700v1  Theses
Azadeh Saffarian. Prediction and pattern matching algorithms for RNA multi-structures
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2011. English
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hal-01920595v1  Conference papers
Bishnu Sarker, David Ritchie, Sabeur Aridhi. Exploiting Complex Protein Domain Networks for Protein Function Annotation
Complex Networks 2018 - 7th International Conference on Complex Networks and Their Applications, Dec 2018, Cambridge, United Kingdom
hal-00637827v1  Book sections
Dominique Lavenier, Guillaume Rizk, Sanjay Rajopadhye. GPU accelerated RNA folding algorithm
Wen-mei W. Hwu. GPU Computing Gems, ELSEVIER, pp.560, 2011, ⟨10.0123849888⟩
inria-00542359v1  Conference papers
Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser. Next Generation Data Integration for the Life Sciences
IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany
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tel-00305419v1  Theses
Anamaria Necsulea. Etude des patrons d'évolution asymétrique dans les séquences d'ADN
Sciences du Vivant [q-bio]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2008. Français
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tel-01936291v1  Theses
Chadi Saad. Caractérisation des erreurs de séquençage non aléatoires, application aux mosaïques et tumeurs hétérogènes
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille Nord de France, 2018. Français
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tel-00926487v1  Theses
Geoffroy Andrieux. Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français
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hal-01987197v1  Journal articles
Laëtitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com et al.  Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
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tel-01093287v1  Theses
Sylvain Prigent. Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S077⟩
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tel-01416734v2  Theses
Aymeric Antoine-Lorquin. De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩
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tel-01670730v2  Theses
Jean Coquet. Étude exhaustive de voies de signalisation de grande taille par clustering des trajectoires et caractérisation par analyse sémantique
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S073⟩