Understanding, Modeling and Detecting Brain Tumors: Graphical Models and Concurrent Segmentation/Registration methods
Compréhension, modélisation et détection de tumeurs cérébrales : modèles graphiques et méthodes de recalage/segmentation simultanés
Résumé
The main objective of this thesis is the automatic modeling, understanding and segmentation of diffusively infiltrative tumors known as Diffuse Low-Grade Gliomas. Two approaches exploiting anatomical and spatial prior knowledge have been proposed. We first present the construction of a tumor specific probabilistic atlas describing the tumors' preferential locations in the brain. The proposed atlas constitutes an excellent tool for the study of the mechanisms behind the genesis of the tumors and provides strong spatial cues on where they are expected to appear. The latter characteristic is exploited in a Markov Random Field based segmentation method where the atlas guides the segmentation process as well as characterizes the tumor's preferential location. Second, we introduce a concurrent tumor segmentation and registration with missing correspondences method. The anatomical knowledge introduced by the registration process increases the segmentation quality, while progressively acknowledging the presence of the tumor ensures that the registration is not violated by the missing correspondences without the introduction of a bias. The method is designed as a hierarchical grid-based Markov Random Field model where the segmentation and registration parameters are estimated simultaneously on the grid's control point. The last contribution of this thesis is an uncertainty-driven adaptive sampling approach for such grid-based models in order to ensure precision and accuracy while maintaining robustness and computational efficiency. The potentials of both methods have been demonstrated on a large data-set of heterogeneous Diffuse Low-Grade Gliomas. The proposed methods go beyond the scope of the presented clinical context due to their strong modularity and could easily be adapted to other clinical or computer vision problems.
L'objectif principal de cette thèse est la modélisation, compréhension et segmentation automatique de tumeurs diffuses et infiltrantes appelées Gliomes Diffus de Bas Grade. Deux approches exploitant des connaissances a priori de l'ordre spatial et anatomique ont été proposées. Dans un premier temps, la construction d'un atlas probabiliste qui illustre les positions préférentielles des tumeurs dans le cerveau est présentée. Cet atlas représente un excellent outil pour l'étude des mécanismes associés à la genèse des tumeurs et fournit des indications sur la position probable des tumeurs. Cette information est exploitée dans une méthode de segmentation basée sur des champs de Markov aléatoires, dans laquelle l'atlas guide la segmentation et caractérise la position préférentielle de la tumeur. Dans un second temps, nous présentons une méthode pour la segmentation de tumeur et le recalage avec absence de correspondances simultanés. Le recalage introduit des informations anatomiques qui améliorent les résultats de segmentation tandis que la détection progressive de la tumeur permet de surmonter l'absence de correspondances sans l'introduction d'un à priori. La méthode est modélisée comme un champ de Markov aléatoire hiérarchique et à base de grille sur laquelle les paramètres de segmentation et recalage sont estimés simultanément. Notre dernière contribution est une méthode d'échantillonnage adaptatif guidé par les incertitudes pour de tels modèles discrets. Ceci permet d'avoir une grande précision tout en maintenant la robustesse et rapidité de la méthode. Le potentiel des deux méthodes est démontré sur de grandes bases de données de gliomes diffus de bas grade hétérogènes. De par leur modularité, les méthodes proposées ne se limitent pas au contexte clinique présenté et pourraient facilement être adaptées à d'autres problèmes cliniques ou de vision par ordinateur.
Loading...