Imputation de données manquantes pour l'inférence de r éseau à partir de données RNA-seq
Résumé
In this article, the issue of gene network inference is addressed, in which inference is performed from expression data obtained by RNA-seq sequencing technique. Our proposal aims at integrating external information (another kind of 'omic for instance) measured on the same individuals and on additional individuals. The method is presented as a missing data imputation problem and is solved with multiple hot deck approaches in order to infer a more stable network. Our results will be illustrated on real data coming from a paneuropean project on obesity.
Dans cette proposition de communication, nous nous intéressons au problème de l'inférence de réseaux de gènes à partir de données d'expression mesurées par RNA-seq. Nous présentons une approche qui permet d'intégrer de l'information externe (autre type d'omic par exemple) obtenue sur les mêmes individus ainsi que sur d'autres individus. Notre approche est présentée comme un problème d'imputation que nous résolvons avec des approches de type "hot deck" multiple pour obtenir un réseau plus stable. Nous illustrerons nos résultats sur des données réelles issues d'un programme d'études sur l'obésité.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
Loading...