The genome of Eucalyptus grandis
Alexander Myburg
,
Dario Grattapaglia
,
Gerald Tuskan
(1)
,
Uffe Hellsten
(2)
,
Richard Hayes
(3)
,
Jane Grimwood
(4)
,
Jerry Jenkins
(5)
,
Erika Lindquist
(4)
,
Hope Tice
(6)
,
Diane Bauer
,
David Goodstein
(4)
,
Inna Dubchak
(4)
,
Alexandre Poliakov
,
Eshchar Mizrachi
,
Anand Kullan
,
Steven Hussey
,
Desre Pinard
,
Karen van Der Merwe
,
Pooja Singh
,
Ida van Jaarsveld
,
Orzenil Silva-Junior
,
Roberto Togawa
(7)
,
Marilia Pappas
,
Danielle Faria
,
Carolina Sansaloni
,
Cesar Petroli
,
Xiaohan Yang
(1)
,
Priya Ranjan
(1)
,
Timothy Tschaplinski
,
Chu-Yu Ye
(1)
,
Ting Li
(8)
,
Lieven Sterck
(9)
,
Kevin Vanneste
(10)
,
Florent Murat
(11)
,
Marçal Soler
(12)
,
Hélène San Clemente
(12)
,
Naijib Saidi
,
Hua Cassan-Wang
(13)
,
Christophe Dunand
(14)
,
Charles Hefer
,
Erich Bornberg-Bauer
(15)
,
Anna Kersting
(16)
,
Kelly Vining
,
Vindhya Amarasinghe
,
Martin Ranik
,
Sushma Naithani
,
Justin Elser
,
Alexander Boyd
,
Aaron Liston
,
Joseph Spatafora
(17)
,
Palitha Dharmwardhana
,
Rajani Raja
,
Christopher Sullivan
,
Elisson Romanel
,
Marcio Alves-Ferreira
,
Carsten Külheim
,
William Foley
,
Víctor Carocha
(18)
,
Jorge Paiva
(19)
,
David Kudrna
(20)
,
Sergio Brommonschenkel
,
Giancarlo Pasquali
,
Margaret Byrne
,
Philippe Rigault
(21)
,
Josquin Tibbits
(22)
,
Antanas Spokevicius
,
Rebecca Jones
,
Dorothy Steane
,
René Vaillancourt
,
Brad Potts
,
Fourie Joubert
(23)
,
Kerrie Barry
(5)
,
Georgios Pappas
(24)
,
Steven Strauss
,
Pankaj Jaiswal
(25)
,
Jacqueline Grima Pettenati
(13)
,
Jérôme Salse
(11)
,
Yves van de Peer
(9)
,
Daniel Rokhsar
(2)
,
Jeremy Schmutz
(5)
1
BioSciences Division [Oak Ridge]
2 DOE Joint Genome Institute [Walnut Creek]
3 Department of Epidemiology & Population Health
4 DOE - Department of Energy / Joint Genome Institute
5 United States Department of Energy
6 US Department of Energy Joint Genome Institute
7 Embrapa Uva e Vinho (BRAZIL)
8 Technicolor R & I [Cesson Sévigné]
9 PSB Center - Center for Plant Systems Biology
10 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University
11 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
12 LRSV - Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales
13 Régulation et Dynamique de la Formation du Bois
14 Dynamique et Evolution des Parois cellulaires végétales
15 IEB - Institute for Evolution and Biodiversity
16 WWU - Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster
17 Department of Botany and Plant Pathology
18 RAIZ – Forestry & Paper Research Institut
19 Laboratory of Plant Cell Biotechnology
20 EEB - Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
21 GYDLE
22 Agriculture Victoria Research, Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources
23 Bioinformatics and Computational Biology Unit
24 Institute of Continuing Medical Education of Ioannina
25 PDC - Plastes et différenciation cellulaire
2 DOE Joint Genome Institute [Walnut Creek]
3 Department of Epidemiology & Population Health
4 DOE - Department of Energy / Joint Genome Institute
5 United States Department of Energy
6 US Department of Energy Joint Genome Institute
7 Embrapa Uva e Vinho (BRAZIL)
8 Technicolor R & I [Cesson Sévigné]
9 PSB Center - Center for Plant Systems Biology
10 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University
11 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
12 LRSV - Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales
13 Régulation et Dynamique de la Formation du Bois
14 Dynamique et Evolution des Parois cellulaires végétales
15 IEB - Institute for Evolution and Biodiversity
16 WWU - Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster
17 Department of Botany and Plant Pathology
18 RAIZ – Forestry & Paper Research Institut
19 Laboratory of Plant Cell Biotechnology
20 EEB - Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
21 GYDLE
22 Agriculture Victoria Research, Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources
23 Bioinformatics and Computational Biology Unit
24 Institute of Continuing Medical Education of Ioannina
25 PDC - Plastes et différenciation cellulaire
Alexander Myburg
- Fonction : Auteur
Dario Grattapaglia
- Fonction : Auteur
Diane Bauer
- Fonction : Auteur
Alexandre Poliakov
- Fonction : Auteur
Eshchar Mizrachi
- Fonction : Auteur
Anand Kullan
- Fonction : Auteur
Steven Hussey
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797032
- ORCID : 0000-0002-1079-8373
Desre Pinard
- Fonction : Auteur
Karen van Der Merwe
- Fonction : Auteur
Pooja Singh
- Fonction : Auteur
Ida van Jaarsveld
- Fonction : Auteur
Orzenil Silva-Junior
- Fonction : Auteur
Marilia Pappas
- Fonction : Auteur
Danielle Faria
- Fonction : Auteur
Carolina Sansaloni
- Fonction : Auteur
Cesar Petroli
- Fonction : Auteur
Timothy Tschaplinski
- Fonction : Auteur
Lieven Sterck
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770099
- ORCID : 0000-0001-7116-4000
Florent Murat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 751486
- IdHAL : florent-murat
- ORCID : 0000-0003-2116-2511
Hélène San Clemente
- Fonction : Auteur
- PersonId : 809369
- ORCID : 0000-0002-1864-6577
Naijib Saidi
- Fonction : Auteur
Hua Cassan-Wang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1251341
- IdHAL : hua-cassan-wang
- ORCID : 0000-0002-7395-9285
- IdRef : 086167057
Christophe Dunand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784271
- ORCID : 0000-0003-1637-4042
- IdRef : 18038337X
Charles Hefer
- Fonction : Auteur
Kelly Vining
- Fonction : Auteur
Vindhya Amarasinghe
- Fonction : Auteur
Martin Ranik
- Fonction : Auteur
Sushma Naithani
- Fonction : Auteur
Justin Elser
- Fonction : Auteur
Alexander Boyd
- Fonction : Auteur
Aaron Liston
- Fonction : Auteur
Palitha Dharmwardhana
- Fonction : Auteur
Rajani Raja
- Fonction : Auteur
Christopher Sullivan
- Fonction : Auteur
Elisson Romanel
- Fonction : Auteur
Marcio Alves-Ferreira
- Fonction : Auteur
Carsten Külheim
- Fonction : Auteur
William Foley
- Fonction : Auteur
Sergio Brommonschenkel
- Fonction : Auteur
Giancarlo Pasquali
- Fonction : Auteur
Margaret Byrne
- Fonction : Auteur
Antanas Spokevicius
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797033
- ORCID : 0000-0003-3507-9583
Rebecca Jones
- Fonction : Auteur
Dorothy Steane
- Fonction : Auteur
René Vaillancourt
- Fonction : Auteur
Brad Potts
- Fonction : Auteur
Kerrie Barry
- Fonction : Auteur
- PersonId : 776761
- ORCID : 0000-0002-8999-6785
Georgios Pappas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 912264
Steven Strauss
- Fonction : Auteur
Jacqueline Grima Pettenati
- Fonction : Auteur
- PersonId : 823446
- ORCID : 0000-0003-4272-9767
- IdRef : 069836167
Jérôme Salse
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1147737
- IdHAL : jerome-salse
- ORCID : 0000-0003-2942-1098
Yves van de Peer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758337
- ORCID : 0000-0003-4327-3730
Résumé
Eucalypts are the world's most widely planted hardwood trees. Their outstanding diversity, adaptability and growth have made them a global renewable resource of fibre and energy. We sequenced and assembled >94% of the 640-megabase genome of Eucalyptus grandis. Of 36,376 predicted protein-coding genes, 34% occur in tandem duplications, the largest proportion thus far in plant genomes. Eucalyptus also shows the highest diversity of genes for specialized metabolites such as terpenes that act as chemical defence and provide unique pharmaceutical oils. Genome sequencing of the E. grandis sister species E. globulus and a set of inbred E. grandis tree genomes reveals dynamic genome evolution and hotspots of inbreeding depression. The E. grandis genome is the first reference for the eudicot order Myrtales and is placed here sister to the eurosids. This resource expands our understanding of the unique biology of large woody perennials and provides a powerful tool to accelerate comparative biology, breeding and biotechnology.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
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