Antibiotic resistance overview in French rabbit farms and limitation of antibiotic resistant microbiota transmission using competitive exclusion.

Etat des lieux de l'antibiorésistance en élevage cunicole français et application du concept d'exclusion compétitive pour limiter la transmission d'un microbiote maternal antibiorésistant

Caroline Achard (1) , Véronique Dupouy-Guiraute (2) , Susanna Siviglia (2) , Nathalie Arpaillange (2) , Beatrice Gabinaud (1) , Sylvie Combes (1) , Yuliaxis Ramayo Caldas (3) , Catherine C. Denis (3) , Maria Ballester Davis Ballester (3) , Stéphane Boucher (4) , B. Dile (4) , S. Chatellier (5) , Bernadette Le Normand (5) , Adeline Chaubet (6) , Diane D. Esquerre (1) , Amine Ghozlane (7) , Etienne Ruppe (7) , Alain Bousquet‐mélou (2) , Jordi Estellé (3) , Olivier Zemb (1)

1 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
2 ToxAlim - ToxAlim
3 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
4 Labovet Conseil
5 Clinique Vétérinaire des Marchés de Bretagne
6 DEPT GA - Département Génétique Animale
7 MetaGenoPolis

In order to fight against antibiotic resistance in livestock, we need to know which antibiotic resistance genes (ARGs) are relevant in France and then lower their abundance. Out of the 102 ARGs identified by metagenomics across 30 French rabbit husbandries, 5 genes leading to tetracycline resistance belonged to the 10 most abundant ARGs. Quantitative PCR on tetO confirmed that the abundance using metagenomics is relevant. To lower ARGs abundance in kits, a control group was raised in standard conditions (n=5), a NF group had the maternal feces removed from the nest (n=4) and 3 groups were inoculated regularly with suspensions of fecal bacteria originating from farms using less antibiotics. The proportion of enterobacteria resistant to tetracyline was lower in the inoculated groups (45%, 48% and 10%) than in the control group (94%). This trend has to be confirmed in a second trial but competitive exclusion opens interesting means to fight against antibiotic resistant bacteria in livestock.

Afin de proposer un système de maîtrise de l'antibiorésistance microbienne en élevage cunicole, nous avons identifié les gènes d'antibiorésistance stratégiques en France et testé une solution potentielle pour limiter le niveau d’antibiorésistance dans la flore digestive des lapins d’élevage. 102 gènes d’antibiorésistance ont été identifiés par analyse métagénomique des gènes microbiens issus de fèces de 30 lapines provenant d’élevages différents. Cinq des 10 gènes d’antibiorésistance les plus abondants confèrent une résistance à la tétracycline, antibiotique le plus utilisé dans le panel d’élevages. Les gènes de résistance aux tétracyclines sont plus abondants dans les échantillons issus d’élevages consommateurs d’antibiotiques. Les résultats de la PCR quantitative du gène tetO sont cohérents avec l’analyse métagénomique. Nous avons utilisé l'exclusion compétitive pour limiter la transmission d’antibiorésistance. Les lapereaux de 24 mères traitées à la tétracycline ont été utilisés dans les conditions standards d’élevage (n=5), dans des conditions de retrait des fèces maternelles (n=4) et dans le cas d’inoculation de 3 suspensions fécales pauvres en bactéries résistantes (n=5, 5 et 5). Le taux d’entérobactéries résistantes à la tétracycline dans les fèces de lapereaux après sevrage est moindre (45%, 48% et 10%) dans les lapereaux inoculés que dans le groupe contrôle (94%). Cette tendance doit être confirmée à l’aide d’un deuxième essai. L’exclusion compétitive appliquée pour limiter le niveau de résistance aux antibiotiques de la flore fécale ouvre des perspectives d’action en termes de techniques d’élevages reposant sur la coprophagie.

Mots clés: antibiotique; microbiote; élevage cunicole; antibiorésistance; résistance; transmission

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]; Informatique [cs]

Caroline Achard, Véronique Dupouy-Guiraute, Susanna Siviglia, Nathalie Arpaillange, Beatrice Gabinaud, et al.. Etat des lieux de l'antibiorésistance en élevage cunicole français et application du concept d'exclusion compétitive pour limiter la transmission d'un microbiote maternal antibiorésistant. 16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p. ⟨hal-02744277⟩