Analyse de Concepts Formels, distributivité et modèles de graphes médians pour la phylogénie

Alain Gély (1) , Miguel Couceiro (1) , Amedeo Napoli (1)

1 ORPAILLEUR - Knowledge representation, reasonning

La phylogénie est l’étude des relations de parentés entre les êtres vivants. La classification phylogénétique consiste à classer les êtres vivants à partir de données de phylogénie. Traditionnellement, les modèles utilisés pour ce faire sont les arbres phylogénétiques. Ces arbres ne permettent cependant pas de capturer toute la complexité des phénomènes évolutifs. Du fait de cette complexité, plusieurs arbres peuvent convenir. Pour ne pas privilégier de solution particulière, l’utilisation de graphes médians permet d’encoder l’ensemble des arbres dans un graphe particulier, le graphe médian. Les graphes médians ont des liens étroits avec certains types de treillis, une autre structure souvent utilisée en classification. L’Analyse de Concepts Formels (FCA) a fait des treillis de concepts l’objet central d’étude pour des problèmes d’analyse de données. Dans cet article, nous montrons comment utiliser la FCA pour produire des graphes médians, et nous mettons en avant les verrous techniques à franchir.

Mots clés: graphe médian; treillis distributif; plongement; phylogénie

Domaines: Mathématique discrète [cs.DM]; Algorithme et structure de données [cs.DS]; Combinatoire [math.CO]; Bio-informatique [q-bio.QM]

Alain Gély, Miguel Couceiro, Amedeo Napoli. Analyse de Concepts Formels, distributivité et modèles de graphes médians pour la phylogénie. XXVIe Rencontres de la Société Francophone de Classification, INRIA; LORIA; CNRS; Université de Lorraine, Sep 2019, Nancy, France. pp.147. ⟨hal-02912328⟩